Emil Çershkov u lind më 28 shkurt 1929, në Siverić afër Kninit, në Dalmaci. Prindërit e tij, Luka dhe Krunoslava, ishin nga Kashtel Gomilica afër Splitit të Dalmacisë, Republika e Kroacisë. Në vitin 1935 familja e Emilit migron në Knjazhevac dhe dy vjet më pas shpërngulet në Jagodinë (Republika e Serbisë), ku edhe mbaroi shkollën fillore dhe gjimnazin klasik. Më pas, në vitin 1947, u regjistrua në Fakultetin e Filozofisë, drejtimi Histori e Artit dhe Arkeologji në Universitetin e Beogradit. Më 14 qershor 1951, diplomoi tek profesorët dr. Miloje M. Vasiq dhe Branko Gavela, me notën 9, në Arkeologjinë Klasike.
Edhe pse ai ishte bursist i Institutit Arkeologjik të Beogradit, pas diplomimit, ai nuk ishte pranuar në punë në këtë institucion shkencor. Me kërkesë të z. Vasilije Kozarac, drejtori i parë i Muzeut të Kosovës, Emili në vitin 1954 u vendos në Prishtinë, ku edhe filloi karrierën e tij të begatë pranë këtij institucioni, fillimisht si arkeolog, kustos dhe më pas drejtor (1) ku qëndroi për katërmbëdhjetë vjet (2). Po në vitin 1954, ai filloi hulumtimet disavjeçare në Ulpianë (3), së bashku me dr. Lubisha Popoviqin, arkeolog në Muzeun Popullor të Beogradit, hulumtime këto që zgjatën deri në vitin 1961.
Një seri ngjarjesh që ndodhën në vitin 1956 do të ndryshojnë tërësisht rrjedhën e historisë së arkeologjisë në Kosovë. Më 17 tetor 1956, u zgjodh drejtor i Muzeut në moshën vetëm 27-vjeçare, duke u bërë drejtori më i ri me moshë në Jugosllavi. Më 20 gusht të atij viti filloi hulumtimet arkeologjike në Municipium D.D. në fshatin Soçanicë, Komuna e Leposaviqit, Republika e Kosovës. Në këtë lokalitet ai punoi për 7 sezone (1956, 1959-1961, 1963, 1964 -1965). Po gjatë atij viti, Emil Çershkov mbrojti disertacionin e doktoratës (4) me temën “Municipium DD në Soçanicë”.
Në detyrë të drejtorit të Muzeut të Kosovës qëndroi deri në shtator të viti 1968 dhe pas gati një dekadë e gjysmë pune jashtëzakonisht të frytshme shkencore si dhe në konsolidimin e Muzeut të Kosovës u punësua në Muzeun Popullor të Nishit, ku punon për vetëm 8 muaj (4) deri në ngjarjen tragjike të aksidentit të komunikacionit, që ndodh me 23 prill 1969. Tri javë më vonë, më 13 maj 1969, pa mbushur 40 vjet të plota jete, vdiq në Spitalin Ushtarak të Beogradit (VMA).
